Les simulations

Ce "J'aime UNIX" traite des simulations; plus précisement de programmes en Splus ou en Matlab qui nécessitent un temps de calcul de plusieurs heures voire même plusieurs jours.

Une simulation simulation doit toujours être lancée en arrière-plan.

Le lancement d'une simulation en arrière-plan permet de garder un ordinateur disponible à un autre usager tout en effectuant la simulation demandée. Le nombre d'ordinateurs n'étant pas illimité au DMS, il ne faut pas monopoliser un ordinateur pendant plusieurs heures quand il pourrait être disponible à d'autres usagers. Dans la plupart des cas, le temps de calcul et les résultats d'une simulation ne sont pas influencés par le fait qu'ils sont envoyés en arrière-plan; donc il ne faudrait pas avoir d'inquiétude à ce sujet.

Pour utiliser les stations du laboratoire à leur pleine capacité, un script "simulation" a été créé pour le DMS uniquement(ce n'est donc pas une commande Unix). Cette commande vous indique sur quelle station envoyer votre simulation. Il vous suffit de taper "simulation" dans une fenêtre terminal pour l'utiliser. Elle vous retourne le nom de la station la plus performante (et libre) pour votre simulation.

Étant donné que le script "simulation" tient compte des caractéristiques des ordinateurs, le travail des usagers ne sera donc pas ralenti.

ATTENTION...

* Cette commande NE RESERVE PAS DE STATION pour votre simulation : elle vous renvoie le nom de la meilleure machine disponible AU MOMENT OU VOUS L'ÉXÉCUTEZ ! Par conséquent, pour éviter des intercations avec d'autres usagers, utilisez-la JUSTE AVANT de lancer votre programme !

* Nous vous rappelons enfin que les ressources informatiques du laboratoire doivent rester disponibles et performantes pour tous. Par respect pour les autres usagers, nous vous demandons donc de ne pas "monopoliser" les stations en lancant un grand nombre de simulations simultanées. Si vous avez des besoins plus gourmands, n'hésitez pas à nous consulter !

Exemple : lorsque vous tapez dans un teminal : simulation

Ceci peut vous retourner, par exemple ,

"La station disponible est : paris "

Il faut ensuite que vous connecter à la station disponible par SSH, en tapant dans un terminal : ssh "station disponible" (sans les guillemets). Dans l'exemple précédent, il s'agit de : ssh paris .

Une fois connecté sur la station disponible par SSH, il suffit :

Pour Splus, dans un terminal, tapez : Splus BATCH fichier_d'entrée fichier_de_sortie &

Pour Matlab, dans un terminal, tapez : matlabbg fichier_d'entrée.m fichier_de_sortie &

Pour Mathematica, dans un terminal, tapez : nohup nice math -noprompt -run "<<fichier_dentrée.m" > fichier_de_sortie &

(Note: les guillemets sont nécessaires pour le fichier d'entrée et pour plus de détails : consultez le site  : http://darkwing.uoregon.edu/~noeckel/Mathematica.html )

Pour R, dans un terminal, tapez :  R CMD BATCH options  fichier_d'entrée.m fichier_de_sortie &

Vous pouvez maintenant vous déconnecter de l'ordinateur où la simulation est lancée. Tous les résultats seront sauvegardés automatiquement dans fichier_de_sortie.

Il arrive à vouloir annuler une simulation pour diverses raisons. Par exemple : la simulation boucle à l'infini, une erreur dans le code de la simulation , etc ...

Pour annuler une simulation,il faut se connecter par SSH sur l'ordinateur qui s'occupe de votre simulation en premier lieu.

En second lieu, nous devons connaître le PID (Processus ID ) de la simulation :

Dans un terminal, tapez : processus

Ce script maison vous retourne tous les processus/programmes qui vous appartiennent. Avec la dernière colonne, localiser la ligne qui correspond à votre simulation.

Note : Pour Splus, le nom de la simulation est " Spqe " alors que pour Matlab, Mathematica, Maple, le nom de la simulation est le nom du programme lui-même.

ASSUREZ-VOUS QU'IL S'AGIT BIEN DE VOTRE SIMULATION!!! Si vous n'êtes pas sûr, consultez votre co-administrateur.

Prenez en note le PID de la simulation qui est donné par la deuxième colonne. Finalement, dans un terminal, tapez : kill -9 PID

Pour des question supplémentaires, n'hésitez pas à consulter les co-administrateurs ou administrateurs.

Vinal Ramdenee
4 Juin 2007